久違的手足重逢

終於考完試了，不過不太敢想像結果，出題方式感覺又被唬弄了。是說，這種事成王敗寇，也沒什麼好說嘴的，就乖乖等成績公佈而已。

還是講開心的事就好。難得弟弟當兵前跑來南部玩耍，加上妹妹美代子三個先跑去吃冰，然後到學校裡晃了一圈，可惜猴子們不捧場沒出來給他們這種城市鄉巴佬瞧瞧。晚餐承蒙重回職場的美代子請客，老四川還不錯食，雖然單點不算便宜，不過食材果然不馬虎，量也很夠，服務殷勤卻不會讓人有壓力（不然我們三個其實都是很內向的）。開場的酸辣涼粉就很開胃，鴛鴦鍋辣鍋麻辣而不死鹹，養生鍋雖然沒搞清楚內含物不過湯很順口，風味沾醬就看人，我妹覺得太辣了，附的菊花茶和剉冰也都在水準之上。

最愉快地還是手足難得相聚，上一次三個人一起吃飯，依稀記得好像是去年過年吧！小弟快要當兵了，這次也僅是想回去看看小時候長大的地方順道過來聚聚，此情此景下次再出現不知會是何時了。晚上又移師去表姊家，想不到平常安靜的兄弟倆，也許是在啤酒的催化之下，或是原本就善於聊天的表姊帶領下，還貢獻不少本來藏在心底很久的心路歷程，也勾起我早已忘卻的某些兒時回憶（包括某填鴨補習班）。表姊最後送我們出門時，還不忘送上一句：「你們這些混球如果有空的話別忘了再來坐坐嘿。」

在外頭晃盪久了，不知從何時起已經忘記這種避風港的感覺；人，終究還是需要喘口氣的，僅以此文小小紀念這難得的一天。

不需要氧氣生活的動物

難得有關於中型底棲動物的新聞，稍微記錄一下順便提醒自己要追。

位於地中海，在希臘南部超過三千公尺深的 L'Atalante basin，發現三種 Loricifera（鎧甲動物門），這是首次發現後生動物（metazoan）可以進行完全無氧呼吸的。已知有某些原核生物與單細胞真核生物亦生活在無氧環境下，不過 loriciferan 雖然體長不及 1 mm，但畢竟是有分化的複雜多細胞動物。

除了主圖的 Spinoloricus（圖片來自 Wiki，scale bar = 50 µm），另外兩個種類分別屬於 Rugiloricus 及 Pliciloricus。他們所生存的底質除了缺乏氧氣外，同時也具有高鹽度並富含硫化氫。同地點也採集到其他中型底棲生物（線蟲與橈腳類），但利用蛋白質染色等方法確認在採集時僅有 loriciferan 是存活的，甚至有個體含有卵，顯示牠們能在無氧環境下完成生活史。

利用放射性追蹤、生化分析、SEM、TEM 等方法，證明這些動物新陳代謝活躍並且擁有一些特別的適應，例如缺乏粒線體、具有 hydrogenosome-like organelle、與原核生物內共生。粒線體是一般生物細胞內的能量供應站，能從氧氣產生 ATP。相反地，loriciferan 擁有一種類似 hydrogenosome 的胞器（原始文獻用 hydrogenosome-like organelle，不過好像大家都直接當成 hydrogenosome），這種胞器利用非氧氣來產生能量，包括硫化氫。Hydrogenosome 已經在其他生活於無氧環境的原核生物體內發現過，不過這是首次在動物體內找到。在這些大量的胞器內並發現一些桿狀結構，認為可能與古菌（Archaea）有關，loriciferan 的 hydrogenosome 很有可能就來自於內共生的古菌。

Facultative anaerobic mitochondria 能夠進行無氧呼吸，而且已經在很多動物體內發現，Mytilus（軟體動物門）、Sipunculus（星蟲動物門）、Arenicola（環節動物門），以及寄生蟲像是 Fasciola（扁形動物門）、Ascaris（線蟲動物門），但是這些動物通常僅有在生活史某些時期具有無氧呼吸的能力。在 Mentel 與 Martin 的評論裡有討論動物門間的各種粒線體與新發現的 hydrogenosome-like organelle 之間的演化關係。Scrippts 海洋研究所的 Lisa Levin 表示，這個發現提供了我們可能在其他缺乏氧氣的環境發現動物的可能，包括外星球。當然，有更多將來自於未來對我們內太空（深海）的探索。

這篇研究的第一作者 Roberto Danovaro 是義大利 Polytechnic Univeristy of Marche 的教授，他所領導的團隊近年來在中型底棲生物的多樣性研究與全球分佈頗有建樹。最後一位作者 Reinhardt Møbjerg Kristensen 是丹麥的無脊椎動物學者，他最為人所知的是分別在 1983 年 Loricifera、1995 年 Cycliophora、2000 年 Micrognathozoa 建立了三個新的動物門。

參考資料
Zoologger: The mud creature that lives without oxygen. NewScientist (Apr. 7, 2010) by Andy Coghlan
Anaerobic Animals Discovered on Sea Floor. The Scientific Activist (Apr. 7, 2010) by Nick Anthis
First Animals to Live Without Oxygen Discovered. ScienceDaily (Apr. 7, 2010)

Danovaro, R., Dell'Anno, A., Pusceddu, A., Gambi, C., Heiner, I., & Kristensen, R. (2010). The first metazoa living in permanently anoxic conditions BMC Biology, 8 (1) DOI: 10.1186/1741-7007-8-30
Levin, L. (2010). Anaerobic Metazoans: No longer an oxymoron BMC Biology, 8 (1) DOI: 10.1186/1741-7007-8-31
Mentel, M., & Martin, W. (2010). Anaerobic animals from an ancient, anoxic ecological niche BMC Biology, 8 (1) DOI: 10.1186/1741-7007-8-32

ガーネット - 奥華子

『ガーネット』（Garnet，柘榴石），是 2006 年動畫電影『時をかける少女』（跳躍吧！時空少女）的片尾曲，奧華子感性溫柔的歌聲在這首曲子裡充分展現其療癒的特質。她從早期獨立製作到後來加入ポニーキャニオン後，仍維持街頭自彈自唱的表演方式，作品也多是自己作詞作曲。不過專輯在臺灣也不好找，隨意查了一下似乎只有最近一張可以在網路唱片行訂購。

在『跳躍吧！時空少女』電影裡除了這首歌，另一首插曲『變わらないもの』也頗為膾炙人口，不過『ガーネット』歌詞跟劇中主角紺野真琴的心情完全符合，所以最後音樂揚起的時候，真的十分催淚。歌詞翻譯可以參考一下這裡。

順便聊一下這部電影，雖然只是小品故事，也沒有什麼悠遠的深意，不過時光旅行這類題材不知道被寫爛幾十年了，這個作品卻又創造出一些有趣的觀點。此外，在整個情節的連貫、情緒的掌控、運鏡以及人物刻劃都極為傑出，建議沒看過的人這輩子一定至少要看一遍的。本來高中女生就應該像真琴這樣，耍點小聰明、害羞時急著逃避、不知所措時放聲大哭……，不過在動畫世界裡能創作出這麼有實感的角色並不多。

導演細田守的另一部在 2009 年上映的動畫電影『サマーウォーズ』（Summer Wars，夏日大作戰）也是傑作，不過總覺得在一部電影的時間裡趕完整個故事，有點浪費了龐大但有趣的人設。

缺水之春

停水警報看來終於解除了。昨晚睡前聽到窗外不斷有水聲，大約就是水流過水管的聲響，就猜今天應該會有水，果然沒錯。

因為工程的關係，學校趁著春假把學生全趕回家，然後全校區包括宿舍停水五日。本來如果是這種情形加上有連假我是很樂意回去的，不過偏偏本週要資格考，咬緊牙根不洗澡買水喝也要撐下去。話說我對春假好像感到陌生很久了，真的有在放這種假期嗎？還是只是今年剛好清明節遇到週一？事實上我連寒暑假都感到很麻痺，唯一的差別只在於學校裡學生人數會變少罷了。

幸好這幾天這棟宿舍的住宿生幾乎全回家了，水量消耗很少，而且不知道是否因供水系統的關係，雖然有幾棟一直缺水，而且學校找來的補水車不是每天補，不過這幾天我都處在有水的狀態。除了昨晚電熱器不知為何故障，所以少洗一天澡而已。

雖然宿舍有水，實驗室的水塔卻只撐了兩天，逼不得已只好把厚重的原文書搬回宿舍複習。很令自己驚訝地，我窩在宿舍這三天竟然都有用功，每天啃食兩章的進度雖不快但還算有效率，看樣子這次考試前能夠很難得地把進度唸完。不過也因此真切感受到學校果真是觀光地區，窗戶打開後幾乎每分鐘都有機車、腳踏車、健行的人經過，一整個搞得很煩躁。也許太常待在實驗室、學校宿舍這類相對安靜的所在，覺得自己似乎不太能夠忍受嘈雜。這麼說以前待在家裡，長期處在公寓那種雞犬相聞的日子，也難怪我從小就常常用功失敗（藉口？）。

不管如何，該做得事情有做，這幾天也許是最近最認真生活的日子。圖片來自 ScienceDaily，只是想找一張看起來乾乾的照片。

想像世界的奠基與創造（下）- Alice, My Queen

接續前篇。

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想像世界的奠基與創造（上）- From A to Z

初決定要打這篇的時候其實是有點惶恐的，因為畢竟自己懂得太少，而且距離上次細看這些書已經有頗長一段時間了。不過本著分享的心情，並且希望給日漸健忘的自己留下一些記錄，所以還是動筆了。

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愚人節與暴龍基因組草圖

愚人節，其實一直沒怎麼在意這個節日，總覺得惡作劇這麼一件有趣的事情如果還得事先知會時間，不但樂趣下降難度也上升了。不過歷史上還是有不少經典的愚人節玩笑，只是玩笑要開得無傷大雅卻又引人發噱，加上大家都記得這個日子，力度的拿捏真的很困難。

我印象最深的一個愚人節玩笑是 2003 年 Wellcome Trust Sanger Institute 公佈其完成暴龍（Tyrannosaurus rex）基因組序列草圖的新聞，這個序列資訊還被公佈在 Ensembl 網站上。Sanger Institute 號稱他們在擴建時意外挖掘到保存完整的暴龍化石，而且還發現一塊藏在琥珀中的組織，於是他們利用一個未公開的新技術在短短一年內完成了基因組定序。

以後見之明來看，這則消息自然是漏洞百出，包括研究所所在的英國劍橋根本從未有暴龍化石出土，而暴龍組織怎麼會在琥珀中也是很可疑，還有研究所擴建幸運挖到化石與所謂的新技術現在來看都是很明顯的暗示。不過 Sanger Institute 在學術界可是有頭有臉的單位，而且在基因組研究上也是龍頭之一，Ensembl 也是頗為權威的生物資訊資料庫，所以當年真的有不少新聞媒體上鉤了，當然我看到時也被唬得一愣一愣。

很可惜的是當初 Ensembl 上的網頁似乎已經被移除了，現在只能追到科景當初的報導和討論。不過這麼有趣的案例現在能找到的資料卻這麼少，網路資訊雖然流通方便，保存性還是差傳統印刷品一大截。

主圖來自 ScienceDaily，這個研究是利用暴龍化石裡殘存的蛋白質序列，確定牠與鳥類間親緣關係的一篇報告，可不是愚人節玩笑喔！