度過了開心的第一年，Lynn 離開我到另一個城市開始研究所生活。
這應該是她第一次想要跟我分開，當時她跟同實驗室的兩個男生走得很近，我雖然遲鈍，但知道她對其中一個還蠻有好感的。後來有翻到他們三個一起出遊的照片，很反常地她一直都沒跟我提過這件事（一直以來我們彼此幾乎不存在秘密，不過後來這也是造成我們分裂的原因之一，下次再談）。不過當然我也有責任，一方面也開啟了自己的實驗室生涯，加上她剛開始住家裏，所以沒什麼機會能去找她，就這樣傻傻地想著對方。後來 Lynn 有了宿舍，我便開始了接下來長期兩地奔波的生活，但一直以來我的經濟狀況不是太好，所以大概都兩週甚至一個月才見一次面，當然她偶爾也會跑，不過可能小女生心態想要男生去找她吧？大多數仍是我去她的城市。
隔年，我也順利甄試上研究所，算是依照自己的興趣，只是很不幸的又落在第三個城市。而且為了做自己想做的研究，堅持找了共同指導，每週都必須兩地奔波。其實對這段時間比較沒有記憶了，因為一大部分的時間都在客運上度過（火車太貴了坐不起），而且其實兩個人都很忙。長期地實驗室生活算是延長了我們倆的感情生命，當手上有滿滿的進度要趕，再怎麼思念自然也得暫時放下，而偶爾見面也無意間激起了小別勝新婚的感動。她碩士還算順利地兩年畢業了，我也去參加了她的口試，記得她其中一位口委還拍拍我稱讚我的參與。Lynn 畢業後，為了和我拉近距離，選擇在她大學原本的實驗室當助理，而那正好在我共同指導教授的樓上而已。
不過在 Lynn 剛要來當助理的時候，卻還是發生幾次吵架，她甚至還曾搬去她實驗室一個學長的家裏住了一陣子。那陣子她與我的對話裡學長的成份增加不少，我自然有察覺。心如刀割，但是沒說什麼，除了因為那學長還算正人君子而且當初心思放在另外一個學姐身上，也因為知道自己無力再去租一間房子供養她，那種痛恨自己無能為力的感覺，和她在一起時其實嘗過不少次。不過後來過了一年，我去她家拜訪的時候才發現當初那個學長被她家人認為是她男友。那時我為了兩地奔波租不起房子，除了一邊有宿舍外，另一邊常常得睡在實驗室地板，洗澡洗衣服就靠緊急淋浴設備。那段一天 24 小時窩實驗室的日子其實還蠻多不足為外人道的辛苦，但是也養成我隨遇而安的能力，這種韌性後來無意間成為我現在的貴人決心幫我一把的助力，不過這以後有機會再提。後來的時光其實還算快樂，我們又同居了。
這個時期比較有意義的是，我們開始比較頻繁地出現在對方家裏，甚至也開始參與家族活動。一直到 Lynn 領我見她父母，我才真的覺得她真正地把我當另一半了。還記得第一次以 "Lynn 男友" 的身份參加她的家族聚會，除了要繞場想辦法記住她眾多親戚的長相和稱謂，也刻意被她親友灌醉了，後來才知道是為了測我的酒品。接下來每年過年我們都會到彼此家裏去拜訪，不過其實總體算來我在她家裏的時間多得多，畢竟我家算小家庭，幾乎沒有什麼聚會可言。Lynn 也在這時期告訴我，她原本只打算念到大學的，然後當中學教師相夫教子，她其實一直是個以家庭為重的女孩子。但我覺得很可惜，除了我還在唸書並不想太早結婚外，我覺得 Lynn 是有能力繼續進修的，所以當初她考上了去念碩士，也是在我的鼓勵之下才做的決定。
我很早便告訴她我的短期夢想是想出國留學，Lynn 從剛開始的不置可否到躍躍欲試，於是也再助理時期開始準備托福。只是考試一直不太順利，除了她專科生的原罪，英文本來就略遜色於高中畢業生外，那幾年正值大陸學生大量出現，競爭也相對激烈很多。於是，在她老闆的建議下，她再我碩士畢業前決定先留在原實驗室念博士，以後再以千里馬計畫的機會陪我出國。雖然聽起來很理想，不過很清楚地，我們開始走向不同的道路。
我碩士畢業後，決定回到台北工作，這是我們的第四個城市。當時不想待在原實驗室，一方面想換個環境，一方面其實老闆已經有助理了，是對他的研究很有興趣的學姐；而我一直覺得本來的研究方向，台灣只需要一兩個研究者就夠了，就決心自己退出競爭。當時只想好好地做個兩年助理，把之前的 paper 發一發，順便補習申請學校之類的，而在台北這些資源的豐富程度不是中南部可以比擬的。不過，這應該是個錯誤的開始，在我這些考慮中，的確把我與 Lynn 的關係擺在最後了。
照片是研究所時期在船上工作時拍得，出海五天的期間，當時每隔兩個小時整理採樣一次，已經做了整個晚上到又看見清晨的日出。那段日子雖然辛苦，但在研究中達到的成就感也是促使我繼續往這條不歸路走下去的契機。
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